Я примерно представляю, как можно отследить неоптимизированные SQL-запросы.
Открываем страницу сайта. Смотрим панель отладки, там написаны выполнившиеся запросы. Дальше ковыряем EXPLAIN, если запрос выполнился без индексов, значит нужно сделать индекс. Ну примерно так.
Но может есть какое-то более удобное, автоматизированное решение? Какое-нибудь расширение Yii, или отдельная библиотека, или может даже расширение PHP, ещё что-то?
Чтобы выдать готовый отчёт - "Проверено столько-то запросов, в оптимизации нуждаются такие-то и такие-то".