Yii Framework

Ubuntu. NetBeans.
Часть фалов приложения находятся в скрытых папках, каким образом можно отладить код расположенный в скрытых папках.

Зачем в скрытые директории помещать файлы, которые нужно отлаживать? Что это за файлы такие?

Это Битрикс, наверное
Там куча имен папок начинается с точки. Приходится NetBeans перенастраивать, чтоб он их видел.

Неужели Это так заметно. Действительно Битрикс

Настройка Options->Misc->Files->Files Ignored by the IDE